На шестом году отрок Иоанн, при помощи отца, начал учиться грамоте. Но грамота вначале плохо давалась мальчику. Это его печалило, но это же подвигло и на особенно горячие молитвы к Богу о помощи. Когда отец его, собрав последние средства от скудости своей, отвез его в Архангельское приходское училище, он, особенно остро почувствовав там свое одиночество и беспомощность, все утешение свое находил только в молитве. Молился он часто и пламенно, горячо прося у Бога помощи. И вот, после одной из таких горячих молитв, ночью, мальчика вдруг точно потрясло всего, "точно завеса спала с глаз, как будто раскрылся ум в голове", "легко и радостно так стало на душе": ему ясно представился учитель того дня, его урок, он вспомнил даже, о чем и что он говорил. Чуть засветлело, он вскочил с постели, схватил книги – и о, счастие! Он стал читать гораздо лучше, стал хорошо понимать все и запоминать прочитанное.
С той поры отрок Иоанн стал отлично учиться: одним из первых окончил училище, первым окончил Архангельскую духовную семинарию и был принят на казенный счет в С.-Петербургскую Духовную Академию.
